Tavallisia Kainastonjoen kaloja ovat kivennuoliainen, särki ja hauki. Myös muun muassa kiiski, ahven, made esiintyvät joessa. Kainastojoessa on lisäksi hyvin pieni harjus- ja taimenkanta. Suurimmaksi osaksi joen virkistyskäyttö on kalastusta, veneilyä ja uintia.