Kiskon Kirkkojärvi on luonnostaan savisamea, rehevä ja matala läpivirtausjärvi. Siihen kohdistuu suuri ravinnevirtaama vesistöalueen yläpuolisista järvistä ja suuret ravinnepitoisuudet näkyvät mm. runsaana vesikasvillisuuden ja leväkukintojen esiintymisinä kesäisin.
