Naamijoki on aiemmin ollut eräs merkittävimmistä meritaimenen lisääntymisaluista Tornion- ja Muonionjokien Suomen puoleisella alueella. Meritaimenen lisääntyminen Naamijoella on kuitenkin lähes loppunut emokalojen vähäisen määrän sekä alueella tehtyjen perkauksien ja ojituksien vuoksi. Valuma-alueella suoritetut koneelliset toimet ovat heikentäneet muun muassa kalakannan ravinnon saantia.