Vähäjoki on joki Turussa, joka laskee Aurajokeen sen alajuoksulla. Joki kulkee Maarian kaupunginosan vartta, ja sen varrelle on padottu Maarian allas vedenottoa varten. Vähäjoen vedenlaatu on pääosin samanlainen kuin Aurajoen ja vedenlaatua tutkitaan säännöllisin väliajoin. Joen vedenlaatu on viime vuosina ollut pääosin tyydyttävää tai välttävää.
